یک استاد معروف هنرهای رزمی به نام "هاماتو یوشی" در اثر درگیری با موجودات فضایی ، تبدیل به یک موش جهش یافته انسان گونه می شود. در این درگیری چهار لاک پشت خانگی هاماتو همراه او هستند و ماده فضایی بیگانگان بر روی آنها نیز اثر کرده و تبدیل به لاک پشت هایی جهش یافته می شوند. هاماتو به همراه چهار لاک پشت نوجوان در فاضلاب های بزرگ نیویورک مخفی می شود و نام استاد اسپلینتر را برای خود انتخاب کرده تا توسط دشمنانش شناسایی نشود. او به لاک پشت ها هنرهای رزمی را آموزش داده و آنها را برای مقابله با خطرات آماده می کند.